清华经管学院科研实力雄厚。学院设有现代管理与技术创新研究基地、现代管理理论研究中心、技术创新研究中心、中国经济研究中心、中国金融研究中心、中国企业研究中心、中国创业研究中心、中国与世界经济研究中心、中国零售研究中心等多个重要的研究中心。其中，现代管理理论研究中心和技术创新研究中心是教育部人文社科重点研究基地，同时也是国家哲学社会科学创新基地。学院还拥有工商管理、管理科学与工程、应用经济学等3个博士后流动站。近年来，清华经管学院先后承担国家自然科学基金项目达172项，国家各部委项目400多项，每年的科研经费达一千多万元。每年获得的国家基金资助项目数在全国同类学院中连续多年位居第一。 众多跨国企业与清华大学经济管理学院合作，支持建设了若干国际水准的研究中心和专业实验室，提供了大量专业性讲座以及学生实践的机会。学院先后与美国哈佛大学商学院、美国麻省理工学院斯隆管理学院、加拿大西安大略大学毅伟商学院、美国宾夕法尼亚大学沃顿商学院、法国HEC、斯坦福大学商学院等50所世界各国最好的商学院建立了管理教育合作和学生交换伙伴关系。这些合作为学院借鉴国际最先进的教学内容、方法和手段提供了良好的条件。 2000年10月成立的清华大学经济管理学院顾问委员会，由四十余位全球著名跨国公司的董事长、总裁以及国际著名学者等组成。朱镕基教授担任荣誉主席，前高盛集团董事长兼首席执行官、美国现任财长帕尔森先生和BP集团首席执行官约翰·布朗勋爵先后担任主席。顾问委员会作为学院和世界联系的纽带，在推动学院跻身世界一流商学院的同时，也推动了学院教育项目的国际化。
